Il Comitato Direttivo (CD) è l’organo di indirizzo strategico delle attività di Nanotec IT. Esso è composto da managers della R&S e ricercatori provenienti dalle organizzazioni iscritte a Nanotec IT ed in accordo con il Direttore del Centro definisce le linee guida, gli obbiettivi, le tematiche di maggiore interesse ed attualità e le azioni prioritarie su cui focalizzare l'operato di Nanotec IT.

I componenti del CD sono designati dalla Assemblea degli Iscritti.